O território do município de Mucugê, que corresponde ao da Paróquia de São João Batista, fez parte, primitivamente, da vasta extensão territorial pertencente sargento-mor Francisco da Rocha Medrado, poderoso senhor de terras e de escravos, que, nos tempos provinciais, estabeleceu, na região, fazendas de criação de gado. Em 1844, a abundância de diamantes e de carbonados fez com que ali rapidamente se reunissem mais de 12.000 pessoas, dando origem à povoação de Mucugê do Paraguaçu. Pela lei provincial nº 271, de 17 maio de 1847, foi criada a Vila de Santa Isabel do Paraguaçu, tendo o seu território desmembrado do de Rio de Contas, como pela mesma foi criada a Freguesia de São João do Paraguaçu, pertencente à Comarca de Nossa Senhora do Livramento de Rio de Contas, sendo a instalação solene da vila datada de 07 de fevereiro de 1848. Em 1852 foi iniciada a construção da igreja matriz de Santa Isabel, concluída em 1855. Em 1856, teve início a construção do Cemitério de Santa Isabel no sopé da Serra do Sincorá, com o intuito de transferir para aquele local, por medida de segurança sanitária, os sepultamentos, antes realizados no terreno anexo à igreja matriz, sendo a obra concluída apenas no ano de 1888. Em 08 de outubro de 1890, a vila foi elevada a cidade com o nome de São João do Paraguaçu. Em 1898, o solo do município foi readquirido pelo Coronel Antônio Landulpho da Rocha Medrado (Coronel Douca Medrado) que, em 1917, ao assumir o cargo de intendente, pelo decreto 55, delimitou o território municipal.
A Freguesia de São João do Paraguaçu pertenceu à Arquidiocese de São Salvador da Bahia até 1913, quando passou a integrar a Diocese de Caetité, erigida naquele ano. A partir de então vários padres, às vezes membros de Congregações Religiosas, passaram por Mucugê. Há registro de duas visitas pastorais, uma em julho de 1918, feita por Dom Manuel Raimundo de Melo, e outra em setembro de 1958, realizada por Dom José Pedro Costa, ambos bispos diocesanos de Caetité. Em 23 de julho de 1967 foi canonicamente instalada a Diocese de Livramento de Nossa Senhora, criada pelo papa Paulo VI, em 27 de fevereiro do mesmo ano, através da Bula Qui Divina Liberalitate. Nessa época, a Paróquia de São João Batista de Mucugê, cujo território compreende o mesmo demarcado pela legislação civil para o município, passou a pertencer à recém-criada Diocese. Inicialmente, a Paróquia foi entregue ao padre Nercy Antônio Duarte, do clero diocesano, depois aos religiosos estigmatinos, após os quais por Mucugê passaram vários padres, ora do clero da Diocese, ora vindo doutras localidades, a serviço temporário. As comunidades de João Correia, Brejo de Cima e São João, desde aproximadamente 1980, foram entregues pelo Bispo diocesano à Paróquia de Nossa Senhora da Saúde de Abaíra, devido à proximidade geográfica entre a sede desta e localização daquelas. Vale dizer que, de 1967 a 2012, os vigários e párocos de Mucugê continuamente residiram noutras cidades, quase sempre em Barra da Estiva, o que dificultou, por todo esse arco de tempo, o atendimento pastoral necessário e a contento, pois a presença do padre era praticamente limitada às festas de São João Batista ou de Santa Isabel. A assistência pastoral sistemática só veio a acontecer com a chegada do padre Nicivaldo de Oliveira Evangelista que, mesmo residindo em Barra da Estiva, a exemplo de quase todos os seus antecessores, procurou marcar presença praticamente a cada domingo, quando também aproveitava para reunir o povo e visitar as comunidades rurais. A ausência do pastor próprio foi suprida, ao longo dos anos, pela religiosidade popular, constando de novenas, ladainhas e outros rituais, sempre denominados “rezas”, mantendo assim, qual sopro de vida e alento, a fé do povo residente nessas paragens diocesanas, no seu extremo nordeste. Graças à iniciativa dos paroquianos de Mucugê, incentivo do padre Nicivaldo e sensibilidade de Dom Armando Bucciol, Bispo diocesano de Livramento de Nossa Senhora, foi construída a casa paroquial e, em 15 de janeiro de 2012, a Paróquia de São João Batista de Mucugê recebeu o seu primeiro pároco residente o padre Rinaldo Silva Pereira, ao menos desde 1967. Por dados de dezembro de 2013, a Paróquia possui, além da matriz, oito comunidades eclesiais situadas na área rural do município. São elas: Barriguda, Brejinho, Caraíbas, Frio, Guiné, Paiol, Quebra Cangalha e Vila Agrícola, todas crescendo a cada dia. Como pastorais existentes e outros organismos que animam a vida paroquial, pode-se elencar: pastorais do batismo, catequese, familiar, da criança, do dízimo e litúrgica, além da presença da obra das vocações e ministérios (OVM), das ministras extraordinárias da sagrada comunhão eucarística (MESCES) e dos movimentos: Apostolado da Oração e Oratório de Maria. Há ainda membros da paróquia que participam, em nível diocesano, da Escola de Teologia para Leigos (ETEL) e dos encontros da pastoral vocacional.
Em 15 de janeiro de 2017, tomou posse o novo pároco o padre Renato Aguiar Silva, que continua o seu trabalho pastoral até o momento atual. Durante esses cinco anos, além das comunidades existentes citadas acima foram criadas mais três (03) comunidades: Guiné de Baixo, Tapiacanga, Passagem do Lajedo. Algumas como pontos de missas: Campo Alegre, Passagem Fria, Roncador e Capãozinho. Em relação as pastorais e movimentos surgiram a Pastoral da Crisma e o Terço dos Homens. Cabe lembra que nas comunidades citadas acima, foram criados o CPC – Conselho Pastoral Comunitário que dão vida e organiza a caminhada pastoral das mesmas. Nestes cinco anos terminou a Centro Pastoral iniciado com o padre Nicivaldo, e tendo a aquisição de materiais como cadeiras e mesas para os encontros com as diversas pastorais e movimentos. Houve também a compra de novos bancos da igreja matriz bem como reforma da pinturas da mesma e do polimento do assoalho de madeira do presbitério e coro da igreja.
Tudo isso faz com que Mucugê sinta-se parte de um todo diocesano e sobressaia na imensidão da Chapada Diamantina, não por causa dos diamantes e carbonados, como no passado, mas sendo uma Paróquia que caminha construindo, com as forças que possui, o Reino que lhe é proposto pela Palavra de Deus e que se alimenta dos Sacramentos, sobretudo da Santíssima Eucaristia, centro da vida eclesial.²
²Cfr.: INVENTÁRIO NACIONAL DE BENS MÓVEIS E IMOVEIS E INTEGRADOS, módulo II – Recôncavo e Chapada Diamantina. Ministério da Cultura, Instituto do patrimônio Histórico e Artístico Nacional, 7ª Coordenação Regional, Salvador, 1995, pp.1-3.
Arquivo Curial da Diocese de Livramento de Nossa Senhora.