O território do município de Mucugê, que corresponde ao da Paróquia de São João Batista, fez parte, primitivamente, da vasta extensão territorial pertencente sargento-mor Francisco da Rocha Medrado, poderoso senhor de terras e de escravos, que, nos tempos provinciais, estabeleceu, na região, fazendas de criação de gado. Em 1844, a abundância de diamantes e de carbonados fez com que ali rapidamente se reunissem mais de 12.000 pessoas, dando origem à povoação de Mucugê do Paraguaçu. Pela lei provincial nº 271, de 17 maio de 1847, foi criada a Vila de Santa Isabel do Paraguaçu, tendo o seu território desmembrado do de Rio de Contas, como pela mesma foi criada a Freguesia de São João do Paraguaçu, pertencente à Comarca de Nossa Senhora do Livramento de Rio de Contas, sendo a instalação solene da vila datada de 07 de fevereiro de 1848. Em 1852 foi iniciada a construção da igreja matriz de Santa Isabel, concluída em 1855. Em 1856, teve início a construção do Cemitério de Santa Isabel no sopé da Serra do Sincorá, com o intuito de transferir para aquele local, por medida de segurança sanitária, os sepultamentos, antes realizados no terreno anexo à igreja matriz, sendo a obra concluída apenas no ano de 1888. Em 08 de outubro de 1890, a vila foi elevada a cidade com o nome de São João do Paraguaçu. Em 1898, o solo do município foi readquirido pelo Coronel Antônio Landulpho da Rocha Medrado (Coronel Douca Medrado) que, em 1917, ao assumir o cargo de intendente, pelo decreto 55, delimitou o território municipal.

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